奈良の寺社の、今秋の特別公開スケジュールが以下サイトで確認できました。
主要寺院では、例年同様、以下の特別公開が予定されています。
・法隆寺 大宝蔵殿 （9/11-11/30）
・法隆寺 救世観音 （10/22-11/22）
・薬師寺 大宝蔵殿 （10/8-11/30）
・法華寺 十一面観音、阿弥陀仏三尊及び童子像 （10/24-11/12）
・室生寺 金堂諸仏 （11/1-12/14）
例年通りのスケジュールですが期間が非常に限られているものとしては、以下の特別公開があります。
・東大寺 僧形八幡神坐像（10/5）
・興福寺 南円堂（10/17）
・法隆寺上御堂 釈迦三尊像（11/1-11/3）
また、例年にない特別公開としては、
・興福寺 東金堂の後堂の公開（10/24-11/24）
・春日大社の神体 御蓋山（春日山）の参拝所開放（9/12-12/20）
等が行われるようです。
秋は奈良の多くの寺社で特別公開が行われ、1,2度の訪問でそれらを網羅するのは難しいですが、上記の中では、特に法隆寺 救世観音、室生寺金堂の諸仏、興福寺南円堂の諸仏、法華寺 十一面観音等が優先的に見ておきたい仏像として挙げられるかと思います。